Dal 1° settembre 1999 due Istituti tecnici che hanno rappresentato una parte importante nella storia della scuola pisana, l'ITGA Santoni e l'ITAS Gambacorti, a seguito delle operazioni di riordino del sistema scolastico provinciale determinato dal Regolamento sul dimensionamento delle Istituzioni scolastiche, si sono fusi tra loro, dando vita a un nuovo complesso Istituto, denominato Istituto d’Istruzione Superiore “E. Santoni”.

L'importanza dell'operazione risiede soprattutto nel fatto che la nuova scuola non risulta, come in aggregazioni e accorpamenti precedenti, dalla fusione di due scuole analoghe o, come nel caso delle verticalizzazioni, di scuole elementari e medie, ma dall'accostamento di Istituti tecnici con indirizzi diversi e quindi con la possibilità di coprire un ampio spettro di offerte formative differenziate, presentandosi con quella caratteristica polivalente che è una delle scommesse su cui la scuola dell'autonomia è chiamata a mettersi alla prova.

Le due sedi, una in Largo Concetto Marchesi (indirizzi: geometri, periti agrari e dirigenti di comunità) e l’altra in via Possenti (indirizzo: biologico), costituiscono uno stimolo ricco di potenzialità per le prospettive che si aprono in questa nuova realtà, sia per lo sviluppo di due corsi così specifici e storicamente importanti come quello dei Geometri e quello dei Dirigenti di comunità, sia per le possibilità di integrazione di due corsi diversi, ma con una forte connotazione ambientale comune, come quello Biologico e quello Agroambientale, sia ancora per la possibilità di “riorientare” all’interno del nostro istituto gli alunni che seguono  un indirizzo non conforme ai loro interessi o ai loro requisiti culturali ed attitudinali.